肠道菌群具有促进人类健康长寿的功效，这让益生菌的使用变得很流行。益生菌是指一类活的微生物（大多数为细菌），类似于人体肠道中的有益微生物。益生菌被广泛地用作膳食补充剂（包括胶囊、片剂和粉末），或添加于乳制品（如优酸乳饮品或含有活性菌种的酸奶）之中。
食品中常添加的益生菌包括嗜酸乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、加氏乳杆菌和双歧杆菌等。
当人们使用抗生素治疗感染的时候，往往会服用益生菌。抗生素在消灭有害细菌的同时，有时也会将有益细菌一并消除，因此会扰乱肠道正常的细菌平衡，并引起腹泻。
益生菌可能在短期内有效，因为它们能排挤有害细菌的生长。然而专家们提出警告：其实需要更多的研究，才能判定长期服用益生菌是否安全有效。
肠道菌群包含至少1000种细菌，然而益生菌产品中仅含有少量的菌株。这类产品中添加了少量菌株后，其实并不足以对健康产生广告中所宣称的效果。此外，不同的益生菌产品中，所使用的细菌品种也不同。不同人食用益生菌产品的效果也可能不同。人们对益生菌的产品质量的顾虑也日渐增加。
在一项研究中，50种益生菌产品授受了检测，其中的许多产品真正含有的活性微生物少于标签上所示的含量。更严重的是，其中的某些产品更含有细菌污染物，对健康具有潜在的危害。
能够证明益生菌的安全性，特别是长期食用之安全性的数据尚且不足。对于有健康问题的人，益生菌导致严重不良反应的风险将更大。
在一项研究中，研究人员让急性胰腺炎患者服食益生菌后，有16%的患者死亡；而在对照组中，仅有6%的患者死亡。
此外，益生菌还可能引发过敏，造成呼吸困难、荨麻疹、呕吐、腹泻和咳嗽等问题。因此，幼儿、老年人和免疫系统较弱的人群（如服用免疫抑制剂的患者）在使用益生菌之前应该咨询专业医疗人士，因为益生菌有可能引发致命的危险。
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